Родился 19 февраля 1793 года в Харькове. Уже юношей в 1806-1809 гг. он был вынужден начать работать и устроился в Харьковскую губернскую чертежную подканцеляристом. В том же году он был произведен в канцеляристы и губернские регистраторы. Практические навыки, полученные здесь в дальнейшем, существенно помогли П. И. Кепенну в его работе. 31 декабря 1809 г. он получил чин коллежского регистратора. Одновременно со службой юноша посещал и подготовительный класс при Харьковском университете. В 1809-1810 годах он стал студентом этого вуза, в 1812 году получил степень кандидата, а в 1814 году после защиты диссертации "De reparetione damni per bellum illati" (она осталась неопубликованной) он окончил университет со степенью магистра правоведения. В этом же году П. И. Кеппен переехал в С.-Петербург, где начал службу в почтовом департаменте.
В это время Петр Иванович увлеченно занимался изучением широкого круга лингвистических, библиографических, этнографических и исторических проблем. В 1816 году П. И. Кеппен был одним из учредителей Вольного общества любителей российской словесности. В 1818 г. он получил помимо основной работы также должность второго редактора газеты "Северная почта".
В 1819 году П. И. Кеппен получил задание провести ревизию почтовых станций по Белорусскому тракту до Крыма и Кавказа. С этой командировкой связано первое его посещение Южного берега Крыма. В Крыму П. И. Кеппена заинтересовали многочисленные археологические памятники. Интерес вызвали и этнографические особенности населения.
Первые научные публикации в области истории древнего Причерноморья принесли ученому заслуженное признание европейской науки. В 1825 году в Тюнингенском университете он получил степень доктора философии, а в следующем году Российская Академия наук избрала его своим членом-корреспондентом.
В 1829 году он получил давно желанную должность помощника главного инспектора шелководства, садоводства и виноделия. Переселение ученого в Крым, конечно, способствовало появлению нового корпуса его крымоведческий сочинений.
По роду службы Петр Иванович особенно интересовался развитием виноградарства и виноделия Крыма, что стало объектом исследования в специальных статьях.
В 1828 г. в Москве была опубликована на русском языке работа ученого "Alterthumer am Nordgestade des Pontus" - "Древности Северного берега Понта" в переводе Камашева.
По заданию Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора М. С. Воронцова в 1833 г. П. И. Кеппен начал работу над проектом первого фундаментального историко-этнографического описания Крыма.
В 1837 году Петр Иванович был избран адьюнктом Академии наук по кафедре статистики, (а в 1840 году - экстраординарным академиком) и прикомандирован к V отделу Собственной Его императорского величества канцелярии.
В 1843 году П. И. Кеппена избрали ординарным академиком по разряду статистики.
Весной 1845 года, П. И. Кеппен принял самое деятельное участие в учреждении Русского географического общества.
В 1851 году выходит работа П.И. Кеппена - "Этнографическая карта Европейской России". Как первый труд такого рода в Российской империи, работа получила высокую оценку. Составителю была вручена Константиновская медаль за исследования в области этнографии и премия Жукова за статистические исследования.
23 мая 1864 года в имении Карабаг (близ Алушты) Ялтинского уезда Таврической губернии Петр Иванович Кеппен умер.
Источники информации: Выдержки из "Ученых запискок Таврического национального университета".